CellPhoneDB: Это инструмент анализа межклеточной коммуникации, основанный на данных транскриптома отдельных клеток. CellPhoneDB может выявлять взаимодействия между клетками, анализируя взаимодействия лиганд-рецептор. Инструмент включает большую базу данных известных пар лиганд-рецептор и может рассчитывать значимость каждого взаимодействия в различных типах клеток на основе данных отдельных клеток.
NicheNet: Это инструмент для анализа межклеточных сигнальных сетей. NicheNet может предсказать степень активации межклеточной сигнализации и потенциальное влияние сигнализации на экспрессию генов целевых клеток.
scTensor: Это инструмент анализа данных транскриптома отдельных клеток на основе тензорной декомпозиции, который можно использовать для прогнозирования межклеточной коммуникации. scTensor использует метод многоуровневой тензорной декомпозиции для анализа взаимодействий между известными парами лиганд-рецептор в различных типах клеток.
Это лишь некоторые из множества инструментов, доступных для анализа отдельных клеток. При выборе правильного инструмента ищите компромиссы на основе экспериментального дизайна, типа данных и целей анализа.